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Pour fêter Halloween, la classe de Melle Bille-en-tête va étudier le corps humain et pour cela, elle a apporté des costumes de squelettes. Mais à chaque costume, il manque un os. Où sont-ils passés ? Il faut se rendre dans l'usine de fabrication de costumes.

La classe de Melle Bille-en-Tête doit aller visiter un parc d'attractions. Celui-ci est fermé pour cause d'alerte orange par la météo. Qu'à cela ne tienne, ils iront en ballon météo. Mais ils vont devoir affronter la pluie, le vent, la grêle et même une tornade...

Cette fois, toute la classe de Melle Bille-en-Tête, part en bus magique pour retrouver les deux coccinelles qui se sont envolées et la mygale qui elle aussi a pris la fuite.

Après un détour par Pompéi, les élèves de mademoiselle Bille-en-Tête partent à la découverte du Piton de la Fournaise, un volcan actif de l'île de la Réunion, prêt à se réveiller. Mais voilà, Carlos n'a pas pu s'empêcher d'aller explorer un vieux tunnel de lave. Ils le retrouvent finalement sur les pentes du volcan en compagnie d'un vulcanologue. Ensemble, ils vont observer l'éruption.

Les élèves de mademoiselle Bille-en-Tête partent au pôle Sud, sur les traces des Empereurs, ces manchots qui vivent sur le continent Antarctique. M. Pétrel, l'oncle d'Ophélie, qui est ornithologue, les accompagne. Une fois sur place, les enfants doivent faire face à des conditions de vie extrêmes et affrontent les pires dangers.

Mlle Bille-en-Tête emmène ses élèves à la Cité des Sciences voir une exposition sur la chaîne alimentaire. Mais elle décide de les emmener sur le terrain et, une fois le bus rétréci, les voilà tous devenus minuscules sur un brin d'herbe pour étudier la photosynthèse. Lorsqu'un criquet menace de dévorer le brin, Lise, l'iguane de Mlle Bille-en-Tête, l'avale à temps, mais est enlevé par un rapace.

Carlos apporte en classe une étrange pierre. Elle appartenait autrefois à son grand-père qui faisait des recherches dans une mine désaffectée en Arizona. Mlle-Bille-en-Tête en profite pour présenter aux élèves sa propre collection de roches et décide de les emmener les étudier sur place. Ensemble, ils embarquent dans le bus magique et partent au coeur du Grand Canyon.

Mlle Bille-en-tête décide d'emmener ses élèves pour un voyage en Australie. La maîtresse et sa classe font une première escale sur l'île de Tasmanie où les attend Tiki, une jeune spécialiste de la faune australienne, qui doit les aider à retrouver la trace du mystérieux oiseau : le kookabura. Mais avant d'y parvenir, les jeunes aventuriers découvrent les différents animaux qui peuplent l'île.

La classe de Mlle Bille-en-Tête part observer les microbes dans le sandwich moisi de Kicha. Le bus, devenu microscopique, s'enfonce dans la moisissure, et, armés de casques et de bottes, les élèves étudient les différents champignons. Jusqu'au moment où une élève de CE2 ramasse le sandwich et l'envoie directement dans le bac à compost.

La classe de Mlle Bille-en-tête part étudier les chauves-souris du parc Yosémite dans l'Ouest des Etats-Unis. Mike, le guide du parc, les accueille et tend de longs filets pour attraper les chauves-souris et pouvoir les regarder de près. Une fois la nuit tombée, les élèves, jumelles en main, observent les animaux. Un oreillard maculé, une espèce très rare, se prend même dans le filet.

Raphaël a retrouvé une dent de dinosaure fossilisée dans les affaires de son arrière-grand-oncle paléontologue. Il ne sait pas à quel dinosaure la dent appartenait. Mlle Bille-en-Tête propose à toute la classe d'aller faire un tour au musée d'Histoire naturelle. Mais une mauvaise manipulation sur l'ordinateur de bord du bus magique les propulse à l'époque des dinosaures.

Carlos est ravi : il va pouvoir utiliser Rocco, son chien-robot télécommandé pour collecter des pierres sur Mars. Toute la classe va visiter le système solaire à bord du bus magique transformé en vaisseau spatial. Au cours de l'expédition, Carlos provoque une catastrophe : il déclenche les fusées de Rocco, qui disparaît dans l'espace et se met en orbite autour de Mercure.

La classe de Mlle Bille-en-Tête part en mer observer les baleines dans le bus magique transformé en navire. Afin d'admirer les fonds marins, les enfants embarquent par deux dans des petits sous-marins reliés par radio avec le navire. Soudain le contact est coupé. Les voilà seuls à 20.000 lieues sous les mers. Si des enfants ont l'occasion de profiter du paysage, d'autres courent bien des dangers.